该微生物反应器提供了一种体外模拟肠道的环境。一种全自动肠道菌群体外模拟模型及肠道未培养菌的体外富集方法全自动控制连续发酵过程，模拟人和动物肠道微生物菌群的体外连续培养装置，同时可以通过调控该模型的发酵参数富集培养肠道中未能在体外纯培养的细菌菌群。